分子化学工学コースのカリキュラムにおいて重要視している以下の基礎科目については，前期・後期の開講前に 各科目の担当教官よるワーキンググループ（WG）を開催して，学生の理解度の報告，講義内容の相互チェックなど を行なっている。以下に教育目的と科目名を記す。
| プロセスＷＧ | 教育目標 | ミクロからマクロにわたる視点から社会と環境に調和した生産・循環プロセスを，チームで協調しつつトータル的に構築し，各専門基礎に基づき細部に至るまでデザインするとともに，自主的に未知の問題に対応する能力を養成する。 |
|---|---|---|
| 科目名 | 化学工学序論，プロセス工学，プロセス基礎セミナー，化学工学実験，プロセスデザイン | |
| 物理化学ＷＧ | 教育目標 | 化学工学の基礎となる現象を，ミクロからマクロにわたる視点から理解するためには，物理化学の習得が不可欠である。その目的を達成するために，熱力学，統計力学，溶液化学，電気化学，界面化学，固体化学に関する講義を行う。 |
| 科目名 | 化学基礎，物理化学序論，物理化学1，物理化学2 | |
| システムＷＧ | 教育目標 | 化学プロセスの構築のためには、個々の要素技術に関する知識に加え、システム全体の設計・解析・運用技術に関する知識や、それらを支援するコンピュータツールに関するスキルが不可欠であり、それら知識の習得とそれらを応用できる能力を身につけることを目標とする。その目標を達成するために、コンピュータリテラシ、表計算ツールの利用技術、モデリングツールを用いたプロセスアルゴリズム構築法、汎用プログラミング言語を用いた問題解決手法、最適化手法、制御技術に関する教育を行う。 |
| 科目名 | 化学生物工学情報概論，コンピュータ利用学及び演習，システム制御，システム計画，コンピュータアルゴリズム | |
| 流動ＷＧ | 教育目標 | 単相流体および混相流体の流動に関する基礎知識とこれらの応用能力の習得を目的とする。その目的を達成するために，流体の基礎流動特性，流体の基礎流動方程式，流体の管内流動，流体の輸送やその測定，流体の粒状層内流動，混相流体の流動特性，混相流体の機械的分離操作等に関する講義，演習を行う。 |
| 科目名 | 流動及び演習，混相流動，機械的分離工学 | |
| 化学反応ＷＧ | 教育目標 | 工学の対象としての化学反応と反応工学，化学反応の速度，均一系の反応速度，不均一系の反応速度，反応操作，反応装置を基礎から応用に至るまで系統的に理解できるようにすることを目標とする。 |
| 科目名 | 化学反応，反応操作 | |
| 移動操作ＷＧ | 教育目標 | 物質製造に関わる装置の設計には速度の概念が不可欠である。工業的反応器では反応速度だけでなく熱・物質の移動速度が最も重要になる。それぞれの移動速度の取り扱いの基礎を習得した上で、化学工学のバックボーンである熱エネルギー工学および溶液系の分離操作（拡散操作）の教育を行う。 |
| 科目名 | 熱移動，物質移動，熱エネルギー工学，拡散操作 |
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